目前我国上市公司治理结构的特征和存的缺陷主要表现在以下几个方面：
1.上市公司发行的股票种类繁多，持有不同种类股票的股东对公司治理结构有不同的影响。目前在深、沪两市上市公司发行的全部股票中，既有A股也有B股，而A股中又包括国家法人股、社会法人股、职工股和社会公众股，B股中则包含了外资法人股、外资股、境内社会法人股、境内个人股。因此存在着众多与公司有直接或间接利益关系的主体。这些主体持有公司的股票，就是公司的所有者，就应有权参与公司治理以实现自身的投资目的，但不同利益主体各自的投资利益不尽相同，难免发生利益冲突，这就使得我国上市公司治理结构由于涉及面的广泛而变得更加复杂。
2.股权结构以国家股和法人股等非流通股为主，尤以国家股比重最大，股权结构不合理。大多数上市公司是由国有企业改制或由国家和国家授权投资的机构投资新建而来，加之《证券法》中关于企业改制过程中其国有净资产的折股比例不得低于65%的规定，使得新公司的股权结构中表现出国有股一股独大。而国家关于国家股和法人股不允许上市流通的规定，更从制度上确保了国有股的绝对优势地位。由此市场上就出现了这样的现象：即持有流通股的广大股东承担着由公司的经营业绩好坏引起股价波动的市场风险，却很难作为股东行使到参与公司治理的权利，而持有国家股、法人股的股东独揽公司大权却不必承担股票市场的风险。这显然是一种不合理的现象。
3.上市公司举债比例小，债权结构不合理。上市公司的债务多来自借款和应付款，债权筹资的比重低。由前文所知，广义上的公司治理结构包括股权结构、债权结构和董事会结构。债权人借助债务协议同样也可以对董事会实施一定的影响力，而这种影响力会最终反映在公司的经营活动中。在国外，由于债权筹资有成本低、债权人不能参与公司的日常经营决策和年终利润分配等优点，深受广大上市公司的欢迎。而在我国，情况却缺恰恰相反，尽管《证券法》中对上市公司发行债券的条件要比申请配股的条件宽松得多，可申请发行债券的公司仍寥寥无几。归结其原因，国家股占绝对控股地位的现状很好的说明了这一点。上市公司即使给出了10配10这样高的配股比率，流通股的比重仍然与国家股和法人股相差甚远，加之流通股的股东多数是中小散户投资者，持股分散，所以配股根本无法撼动国家的控股地位。我国股东似乎完全可以忍受上市公司多年不分派股利的行为使得股票筹资成本甚至小于债券筹资的同期成本，上市公司当然会青睐于前者。
4.董事会中内部董事占绝大多数，董事会结构不合理导致权力失衡。董事从股东中选举产生，而持股数又代表着所持的选票数，因此控股股东通过推举代表其利益的董事参加董事会的方式掌控着董事会。我国多数上市公司中国家股占控股地位，自然代表国家的董事在董事会中占优势，而代表法人股、社会公众股的董事虽然人数众多处于票数上的劣势，这就使得董事会的投票决策机制形同虚设，出现了公司治理上的“无效区”。董事会通过聘任符合自己利益的公司经理阶层，达到层层控制公司的目的。目前我国多数国有企业的董事、经理还是由控股股东委派而来，其代表股东行使的权利过大，甚至出现了不少董事长兼任总经理的情况，总经理取代了董事会的部分职权，将董事会架空，自己管理自己，自己评价自己，成为名副其实的“内部控制人”，使得公司治理中的
约束机制和激励机制完全丧失效力，这样的公司治理结构不仅损害了中小股东的利益，也损害了大股东自身的利益。
5.监事会缺乏独立性。按照公司法的有关规定，监事会的成员并非完全是由股东大会选聘的，其中三分之一是由企业职工选出的职工代表，监事会不享有企业控制权，也不明确对谁负责，其主要职责似乎是对董事会行驶剩余控制权进行监督，这包括两方面，第一对董事会行驶剩余控制权的合法合规性进行监督，这自然最终对股东债权人和职工都好，第二似乎是要保护什么利益相关者的利益。
