电子商务下国际税收管辖权的矛盾。国家税收管辖权是国际税收的基本范畴，当存在国际双重或多重征税时，来源地税收管辖权优先。在电子商务环境下，交易的数字化、虚拟化、隐匿化和支付方式的电子化，使交易场所、提供商品和服务的使用地难以判断，以至于来源地税收管辖权失效。
首先，网络贸易的发展必将弱化来源地税收管辖权。外国企业利用国际互联网在一国开展贸易活动时，常常只需装有事先核准软件的智能服务器便可买卖数字化产品，服务器的营业行为很难被分类和统计，商品被谁买卖也很难认定。加之Internet的出现使得服务也突破了地域的限制，提供服务一方可以远在千里之外，因此，电子商务的出现使得各国对于所得来源地的判断发生了困难。
其次，居民税收管辖权也受到了严重的冲击。目前各国判断法人居民身份一般以管理中心或控制中心为准。然而，随着电子商务的出现、国际贸易的一体化以及各种先进技术手段的广泛运用，一些原来让人难以想象的情况将会成为可能，如一个企业的管理控制中心可能存在于任何国家。在这种情况下，税务机关将难以根据属人原则对企业征收所得税，居民税收管辖权也形同虚设。而且，电子商务不断发展，公司更容易根据需要选择交易的发生地。这将造成交易活动普遍转移到税收管辖权较弱的地区进行。实际上，一系列国家避税地已采取措施促使自身成为建立网络服务的理想基地，甚至还开展了推销自身电子商务硬件设施的宣传活动。
发达国家与发展中国家有着不同的税收原则。早在电子商务出现之前，美国等发达国家就要求扩大居民税收管辖权，限制其他国家来源地税收管辖权的使用范围，这是因为发达国家通常拥有正的国外资产净值，居民管辖权原则可使他们的税收最大化;而作为资本、技术引进国的发展中国家则从维护本国经济利益角度出发，要求扩大本国的来源地税收管辖权，这是因为发展中国家往往是大量外国直接投资的所在国，税源原则可使他们的税收收入最大化。面临新技术的出现，美国作为互联网的来源地，同时又是电子商务最发达的国家，更是积极倡导居民税收管辖权的实施，他们的依据是纳税人一般总会构成居民，个人总要成为特定国家的公民或居民，其全部收入、成本在居住国都较容易控制。因此虽然收入来源地税收管辖权不会被抛弃，但可能会大大削弱。
不同的国际组织对上述两个原则也有不同的偏向。例如，经合组织制订的条约倾向于居民管辖权原则。而联合国的条约则倾向于来源地管辖权原则。电子商务的发展，要求混合采用这两种原则，建立公平合理的全球征税体制，为国际税收合作奠定基础。
对国际电子商务免征关税的最大受益者主要是发达国家。应否对国际电子商务免征关税，到目前为止还是一个有争议的话题，以美国为代表的发达国家积极倡导对国际电子商务永久性免征关税，而以印度、巴基斯坦等国为代表的发展中国家则坚决反对对电子商务长期免征关税。
发达国家在信息技术、高科技产品和电子商务方面具有很大的优势，信息技术产业的发展基本已走向成熟，尤其是美国，有硅谷的强大科技力量作后盾，一直是信息技术产品的净出口国，软件产业已经成为美国的支柱产业，电子商务的零关税对美国的好处是不言而喻的。因此，美国才极力倡导对电子商务免征关税。然而对于发展中国家，虽然免征关税可以买到相对便宜的计算机相关产品特别是软件产品，一定程度上有利于信息化建设，但由于大多数发展中国家的信息基础设施薄弱，电子商务还处于起步阶段，信息产业总体来看还属于幼稚产业，对电子商务免征关税无疑会受到巨大的冲击，同时由于信息咨询等服务可以通过互联网畅通无阻地进行国际传输，发展中国家的服务业也将受到重大的影响。在今后的相当长时间内，即使发展中国家在这两方面会有很大的发展，甚至实现一定量的出口，但很难与发达国家相抗衡，所以对电子商务免征关税给发展中国家带来更多的将是挑战。
