不同性质的公司办理股权转让的程序不同。
民营企业一般直接到工商行政管理局办理股权转让登记。
外资企业一般先到商务局进行审批，审批完成后才能到工商行政管理局办理股权转让登记。
国有企业需先经国资委或者国资委下属单位审批，审批完成后到工商行政管理局办理股权转让登记。
仅就民营企业为例，股权转让的具体办理流程如下：
1、股东会和董事会需就股权转让事宜形成决议。
2、转让方、受让方签订股权转让协议。
3、转让方和受让方到主管税务机关办理纳税申报。
4、向工商行政管理局申请办理工商变更登记。
因各地工商局要求的流程不尽相同，具体办理时建议您先向当地工商局咨询。
股权转让要交什么税?
转让股权就是公司的股东把自己的股份给另外一个人，这个是有偿的，要是无偿的也是要缴纳税费的，印花税是肯定有的，要是转让方还是自然人股东的就会缴纳个人所得税。
首先是股权转让方和受让方都要按照万分之五缴纳印花税，属于产权转移书据。
其次，对于股权转让方，如果是自然人股东，需要按规定缴纳个人所得税，属于平价和低价转让的，不缴纳个人所得税，但是需要主管税务机关确认，具体参看《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告2014年第67号 )。如果股权转让方是法人企业的，需要按规定缴纳企业所得税。其中居民企业在转让时按规定预交企业所得税;对于未在境内设立机构的非居民企业，需要按规定缴纳企业所得税，税率为10%。
法律依据：
《印花税暂行条例》第二条
股权转让协议范本
转让方(以下称甲方)：
住所：
电话：
受让方(以下称乙方)：
住所：
电话：
鉴于：
1、______有限责任公司是于______年____月____日在______工商行政管理局合法注册成立并有效存续的一家有限责任公司(以下简称目标公司或公司)。
2、公司注册资本：______万元，法定代表人：______，注册号：______，主要从事______等经营。
3、甲方系目标公司股东，现合法持有目标公司的______%的股权，甲方决定出让其所持有的目标公司股权。
4、乙方同意按本合同约定的条件受让甲方所持有的目标公司______%的股权。
经平等友好协商，在平等、自愿、互利互惠的基础上，一致同意甲方将其所持有的目标公司______%的股权转让给乙方，为明确各方权利义务，特制定本合同。
一、股权的转让
1、目标公司概况
(1)______有限公司是经______市场监督管理局依法注册登记成立的一家有限责任公司，企业法人营业执照注册号：______，住所：______，法定代表人：______，注册资金______万元，经营范围：______。股权结构：______持有公司______%股权，______持有公司______%股权，______担任执行董事，______担任监事。截至本协议签订时，公司仅收到______万元的出资款，均为甲方缴付的出资款。
(2)债务状况：截至本协议签订时，目标公司无任何抵押或债务及对外担保。
2、合同标的(目标公司______%的股权)
甲方将其所合法持有的目标公司______%的股权转让给乙方。乙方同意按本合同约定的条件受让甲方出让的股权。甲方拟转让的股权所对应的出资额仅缴付了______万元，对此，乙方不持任何异议，并自愿按本协议约定的条件受让该股权，并按目标公司章程约定的期限补足全部出资。
3、转让基准日
本次股权转让的基准日为______年____月____日。
4、转让价款
本合同项下股权转让的总价款为：人民币______万元整。
5、甲方保证对其向乙方转让的股权享有完全的独立权益，没有设任何质押，未涉及任何争议或诉讼。
二、转让价款的支付
乙方同意在本合同双方签字之日向甲方支付________元，在甲乙双方办理完工商变更登记后，乙方向甲方支付剩余的价款________元。
三、甲方声明
1、甲方为本协议第一条所转让股权的唯一所有权人。
2、甲方作为公司股东已完全履行了公司注册资本的出资义务。
3、自本协议生效之日起，甲方完全退出公司的经营，不再参与公司财产、利润的分配。
四、乙方声明
1、乙方以出资额为限对公司承担责任。
2、乙方承认并履行公司修改后的章程。
3、乙方保证按本合同第二条所规定的方式支付价款。
五、保密条款
1、为完成本合同有关事项，各方从对方获取的资料和相关的商业秘密，各方负有保密的义务，并且应采取一切合理的措施以使其所接受的资料免于被无关人员接触。
2、双方应以适当的方式告知并要求其参与本合同工作之雇员遵守本条款。
3、双方在对外公开或宣传本次股权转让事宜时，采用经协商的统一口径，保证各方的商誉不受侵害，未经另一方同意，任何一方不得擅自对外发表有关本次股权转让的言论、文字。4、本保密条款不因本合同终止而解除，在本合同履行完毕后对双方仍然具有约束力。
六、变更登记
1、甲方应在本合同生效后五日内依据目标公司章程的相关规定提请召开目标公司临时股东会，并促使目标公司临时股东会表决通过本次股权转让事宜。
2、自目标公司临时股东会表决通过本次股权转让事宜起十个工作日内，甲方应配合乙方到市场监督管理机关办理目标公司股权转让及章程修订等事项的变更登记手续。
3、目标公司企业信息变更登记办理完成之日起，目标公司依法分别办理组织机构代码、税务登记(含国税、地税)、经营资质等事项的变更备案登记，期限分别为三十日。
七、费用负担
1、本合同项下股权转让时发生的各类行政收费、税金(包括但不限于所得税等)由双方依相关法律法规的规定各自承担。
2、本合同项下股权转让完成后，目标公司的需向政府有关部门支付的一切费用(本合同其他条款特别约定的除外)全部由目标公司或乙方承担。
八、双方的权利和义务
1、自本合同生效之日起，甲方丧失目标公司______%的股权，不再享有目标公司任何权利，也不再承担任何义务;乙方根据有关法律、本合同及修订后目标公司章程的规定，按照其所受让的股权比例享有权利，并承担相应的义务。
2、本合同签署之日起15日内，甲方应负责协调组织召开目标公司股东会，保证股东会批准本次股权转让，并就公司章程的修改签署有关协议或制定修正案。
3、本合同生效之日起30日内，甲方应与乙方共同完成目标公司股东会、执行董事的改组，并完成股权转让的全部法律文件。
4、在按照本合同约定完成本次股权转让的全部法律文件之日起10日内，甲方应协助乙方按照中国法律、法规及时向有关机关办理变更登记。
九、违约责任
1、如协议一方不履行或严重违反本协议的任何条款，违约方须赔偿守约方的一切经济损失。除协议另有规定外，守约方亦有权要求解除本协议及向违约方索取赔偿守约方因此蒙受的一切经济损失。
2、如果乙方未能按本合同第二条的规定按时支付股权价款，每延迟一天，应按延迟部分价款的________%支付滞纳金。乙方向甲方支付滞纳金后，如果乙方的违约给甲方造成的损失超过滞纳金数额，或因乙方违约给甲方造成其它损害的，不影响甲方就超过部分或其它损害要求赔偿的权利。
十、争议的解决
甲乙双方因履行本协议所发生的或与本协议有关的一切争议，应当友好协商解决。如协商不成，任何一方均有权按下列第________种方式解决：
1、将争议提交武汉仲裁委员会仲裁，按照提交仲裁时该会现行有效的仲裁规则进行仲裁。仲裁裁决是终局的，对甲乙双方均有约束力。
2、各自向所在地人民******。
十一、生效及其他
1、本合同自签署日经双方签署后，自本合同文首所载明日期起本合同即成立并生效。
2、本合同正本一式四份，甲乙双方各执一份，公司存档一份，工商登记机关一份，具有同等法律效力。
转让方(签字盖章)：
______年____月____日
受让方(签字盖章)：
______年____月____日
