1、设立方式不同
子公司由公司股东按照《公司法》的规定设立，应当符合《公司法》对公司设立条件和投资方式的要求。分公司由总公司在其住所地之外向当地工商机关申请设立，属于设立公司分支机构。
2、法律地位不同
子公司是独立的法人，具有法人资格，拥有独立的名称、公司章程和组织机构，对外以自己的名义从事经营活动。分公司不具有法人资格，没有独立的名称、公司章程和组织机构，以总公司分支机构的名义从事经营活动。
3、受控制方式不同
母公司对子公司一般不直接控制，而是通过任免子公司董事会成员、作出投资决策等方式影响子公司的生产经营活动。分公司的人事、业务、财产受总公司的直接控制，在总公司的经营范围内从事经营活动。
4、承担债务责任方式不同
子公司作为独立的法人，以子公司的全部财产为限对其债务承担责任。分公司由于没有自己独立的财产，与总公司在财务上统一核算，因此，其经营债务由总公司负责清偿，即总公司以其全部财产为限对分公司在经营活动中的债务承担责任。
5、领取的营业执照不同
子公司领取的是企业法人营业执照，有法定代表人姓名字样。分公司领取的是营业执照，有负责人字样。
6、产品包装标注不同
子公司在产品外包装上必须标注自己的名称和住所。分公司可以标注自己的名称、住所，也可以同时标注总公司的名称、住所，还可以只标注总公司的名称、住所。
7、 征税方面不同
设立分公司还是通过控股形式组建子公司，在纳税规定上就有很大不同。由于分公司不是一个独立法人，它实现的盈亏要同总公司合并计算纳税，而子公司是一个独立法人，母、子公司应分别纳税，而且子公司只有在税后利润中才能按股东占有的股份进行股利分配。一般说来，如果组建的公司一开始就可盈利，设立子公司就更为有利。在子公司盈利的情况下，可享受到当地政府提供的各种税收优惠和其他经营优惠。如果组建的公司在经营初期发生亏损，那么组建分公司就更为有利，可减轻总公司的税收负担。
分公司的注册流程是怎样的?
1、领取名称预先核准通知书;
2、领取企业设立申请表;
3、打电话预约入资时间;
4、总公司的营业执照副本复印件加盖公章;
5、总公司的公司章程加盖公章;
6、《企业秘书(联系人)登记表》;
7、填写委托书《法人签字》;
8、打电话预约申请注册工商时间电话预约;
9、到预约的时间，拿号到受理窗***资料《受理后》;
10、一个星期以后，领取营业执照正副件。
分公司注册需要什么材料?
1、公司法定代表人签署的《分公司设立登记申请书》(公司加盖公章);
2、公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》(公司加盖公章)及指定代表或委托代理人的身份证复印件(本人签字);
3、公司章程(由公司法定代表人签署);
4、公司营业执照副本的复印件;
5、分公司营业场所使用证明;
6、公司出具的分公司负责人的任职文件及身份证明复印件;
7、法律、行政法规和国务院决定规定设立分公司必须报经批准的，提交有关的批准文件或者许可证书复印件
