第一，造成税负不公的现象。电子商务环境下运用常设机构认定规则时，很难确定网址、服务器、ISP是否为常设机构，在同等的市场条件下，电子商务的纳税人承担的税收负担要比传统交易的纳税人承担的税收负担轻，从而处于更加有利的竞争地位。但是，如果政府为了避免大量的税收收入在电子商务中流失，匆匆制定新的税收规则，则会导致新的税收不公。
第二，造成来源地国与居住国之间的税收利益分配失衡。在电子商务环境下，难以认定常设机构的成立，纳税人的经营地址难以确定，纳税地点也难以掌握，从而弱化了来源地税收管辖权，而居住国却可以凭借居民税收管辖权对电子商务的纳税人加以征税而取得本应属于来源国的那部分税收，这样原本由来源国和居住国分享的税收利益，变成了由居住国独占享有，造成了国际间税收利益分配的严重失衡。
第三，引发国际重复征税的现象。在电子商务环境下，来源地国往往出于自身利益的考虑，将现行的税收管辖权规则重新做出对自己有利的解释。当主张居民税收管辖权的国家与主张所得来源地税收管辖权的国家发生争议的时候，双方不能依据现行税收协定确定税收分配比例，引起双重征税，势必严重阻碍电子商务的发展。
第四，加剧了国际逃避税现象。在跨国电子商务中，分处不同国家的当事人之间通过国际互联网络可以直接在计算机上完成谈判、订货、付款等交易行为。这样在来源国境内设立营业场所、固定机构或委托营业代理人开展业务的传统方式就失去了其存在的意义，从而引起国际避税的问题。
另外，如果把网址或服务器作为常设机构，它的所在地与参与经济活动之间是可以分离的，利用网址经营的企业将服务器放在避税港，便可以达到逃避来源地税收管辖的目的，造成国家税收的大量流失。
