电子商务按照商务交易的形态分为两种：离线交易。交易双方以电子方式缔结合约、支付价款，货物和劳务则以传统方式提供。这种交易与邮购方式、电话定购并无实质差异，因其交易的实物流程并未消失，按现行税制对其征税并无多大障碍。在线交易。在网络上直接完成认购、支付价款、数字化信息商品的支付等全部交易过程，如在网上直接进行电子书籍、电脑软件的交易，完成金融服务和下载统计资料等。在线交易的特征是所有交易流程均由网络完成，赖以课税的基础实物流程流失，由此也产生了一系列的税收难题。
征税对象认定问题
1.交易行为难以认定
征税对象是征税的直接依据，是区分征税与不征税的唯一标准。在传统贸易活动中，征税对象的认定较为容易，因其所有的交易行为都会有相关的商业凭证，如进口报关手续、销售凭证，即使没有商业凭证，税务机关也可通过银行账户和信用证业务的变动检查其收支状况，以确定计税依据。电子商务则不然。电子商务较之传统贸易方式有两个显著特征：流动性。网络是极度开放的空间，交易者可以在任何一个网站从事商业活动，只要付出低廉的变更费用就可随时更换网站、变更网址，在网络空间实现虚拟的即时流动，这种高速的不留任何痕迹的即时流动增加了税务机关对交易行为的认定难度。隐蔽性。电子商务实现了数字和无纸操作，采用电子记账，再加上电子货币、电子银行的使用，计算机加密系统地开发和利用。极大方便了交易双方有效地隐蔽交易内容，逃逸纳税义务，而税务机关兼于法律和技术原因，无法进入加密程序，获得真实的纳税资料。
2.征税对象难以划分
凡征收流转税的国家，其税法对有形商品的销售、应税劳务的提供、特许权转让等都作了明确的划分，并实施不同的税收政策。但这一规定却无法适用于电子商务。电子商务的网络信息技术可将有形商品的销售，如图书、报纸、音像制品等直接转化数字形式提供，购买者只需在互联网上购买数据权、便可随时购买、游览或下载所需要的信息商品。例如，在传统贸易形式下，《英汉辞典》的生产、销售被看作是销售货物，征收增值税，但现在消费者可在网上购买数据库，就可直接得到它，那么政府对这种提供数字信息行为应视为销售货物还是应税劳务呢应征收哪种税如何确定其税率和纳税地点目前国内税收理论界对此尚无定论，国际社会也是各有各的说法。美国财政部提议的课税细则中，对电脑程序出售所得作了一些规范。认为电脑程序供应商在出售数字化产品时，若事先约定顾客只能自己使用或仅可***供公司内部使用，则这种所得应归类于销售货物所得;反之，若顾客有权大量***甚至可以向他人销售，则这种所得应视为特许权使用费。从上述内容看，这一提案并不完善。同是网络销售，但却因购买者的购买意图不同，给予不同的定性，适用于不同的税收政策，这本身就违反了税收的公平和中性原则。况且销售方会因税负问题与购买方协调，以选择低税负的方式，对这一点，税务机关是无法控制的。
居民税收管辖权难以落实
居民税收管辖权是指一国政府对一定的人征税的权力，其征税的依据是以纳税人是否与自己的领土***存在着所属关系。依据属人原则确定的居民税收管辖权的连接因素是对自然人或公司居民的身份认定。各国现行税法对公司居民身份均以具体的建筑实体为判定标准，如美国、日本、法国采用“登记注册地标准”，即凡在本国登记注册的公司为本国居民公司;意大利、中国等实行“总机构标准”，规定公司的总机构若设在本国境内为本国居民;英国和加拿大则适用“管理中心标准”，只要公司的实际管理与控制中心在本国即确定为本国居民，由于这一标准的实际操作有一定的难度，英国于1986年又增加了注册地标准。但上述理论和规则无法适用于电子商务：从事电子商务的交易都是以各自的网址为标志，但网址不是具体的建筑实体，只是虚拟空间中的一个设定、一个符号，与通常的地理标志没有必然的联系，无法体现其与某一管辖区的所属关系，因而也就不可能作为居民税收管辖权所依据的连接因素。这也正是国际社会未将网址、服务器作为居民纳入征管细则的主要原因。即使有具体的“住所”或“营业场所”的纳税主体，在利用电子商务交易时，因可以采用匿名的电子货币进行结算，不向税务机关申报，同样使居民税收管辖权针对电子商务的行使软弱无力。总之，电子商务出现后，动摇了居民的定义及其判定标准，从而导致居民税收管辖权的行使有了一定难度。
国际税收管辖权相互冲突
目前，世界上大多数国家都并行地域税收管辖权和居民税收管辖权，但因经济发展程度不同，各国的侧重又有所不同。一般来说，发达国家经济层次较高，是典型的资本输出国和技术输出国，拥有巨大的境外收益，较为强调居民税收管辖权;而发展中国家因经济发展有限，属典型的资本和技术输入国，来自本土的收益较多，所以多强调地域税收管辖权。因各国采用税收管辖权重叠所导致的重复征税，可通过签定税收协定方式予以免除。然而，在涉及到跨国电子商务时，重复征税问题却无法得到有效解决，问题的关键在于电子商务的无国界性和虚拟性。地域税收管辖权是以各国的地理界线为基准，而电子商务的发展使经济活动与特定地点间的联系弱化，尤其是在线交易。在离线交易中，由于涉及实体商品的出售，须有仓储、营运等具体场所，还能实行地域税收管辖权，而在线交易中，商业交易已不再存在任何的地理界线，如：医生通过网络系统向另一税收管辖区的患者提供诊疗服务，在网上只能看到这一活动的内容，至于登陆者所在地点根本无法确定。这无疑导致各国对所得来源地的判断发生争议。那么居民税收管辖权是否可行呢有的学者认为，即然地域税收管辖权已失去其合理性，那么在未来的电子商务环境下，居民税收管辖权应有较重大的存在意义①。本文认为，居民税收管辖权只能是在一定范围有效，不论是电子商务的主要提供者发达国家，还是接受者发展中国家皆是如此。所谓范围是指有“住所”并兼具良好公德的国际电子服务供应商，但对于没有具体“住所”或公德较差的纳税主体，居民税收管辖权则无效。因在虚拟的网络空间，除非纳税主体标识出自己的国籍，否则，单纯的网址、服务器根本无法体现其所在国。这一观点在中已有陈述。显而易见，在所有因素都未确定、世界各国未达到统一共识的条件下，跨国电子商务的征税必然会引起国际税收管辖权的冲突，或是因多重税收管辖权重叠导致多重征税，或是游离于任何税收管辖权之外不承担任何税负。
电子商务引发的其他税收问题
1.进口征税存在技术问题
通常，国际贸易中各国对商品的出口基本上实行免税政策，而由进口国征收进口税。在电子商务环境下，有形商品的进口征税并无多大障碍，但在线交易问题较多。如软件、音乐、书籍、电影、新闻等信息类商品因不经海关可直接下载到消费者的电脑中，交易款项再由电子货币结算，海关无从把握税基的认定，征税成为空谈。为解决这一问题，有观点认为国际互联网络服务的提供者在网上发挥着贸易公司或“虚拟商品”的作用，从理论上讲可对其行使税收管辖权，征收进口税。本文认为国际互联网服务的提供者只是提供了进出口贸易的平台，并不是真正进口商，对其征收进口税缺乏充足的理由。美国于1998年促成世贸组织通过“经由电子网络传送的数字化商品停止课征关税”的决议，一方面出于电子商务输出国自身的利益，另一方面也说明进口征税的技术难度较大。
2.电子商务成为逃避税的新途径
电子商务交易的特点和各国税收制度的不尽完善，给逃避税提供了更多的机会，各国财政也因此蒙受损失。目前，世界各国对电子商务征税的意见并不统一，美国出于本国利益98年通过了“因特网免税案”，日本紧随其后;中国、澳大利亚、加拿大等国基本上处于研究、探讨阶段。只有经合发组织和以欧盟为代表的欧洲各国坚持将电子商务视作提供劳务征收增值税。各国税收政策的不尽一致正契合了电子商务的无国界性、简易性和极大流动性的特征，纳税主体只要花费较低的费用就可在低税区或无税区登记网址，从事商务活动，税源自然会从高税区流向低税区或免税区。如欧盟税收规定，通过电子商务提供劳务，应在提供地征税，即欧盟企业在欧盟区内提供电子商务须缴纳增值税，如在欧盟之外向欧盟区内提供服务则无需纳税。这样，欧盟企业就可利用设于欧盟之外的低税或免税区的服务器向欧盟成员国提供服务，以逃避纳税义务。
电子商务隐蔽性的特征是造成逃避税的另一主要原因。电子商务实现了数字化和无纸操作，电子数据具有较强的隐蔽性，而加密技术的运用，使本已无形的商品和账目又多了一道保护屏障。税务机关无从知晓其交易内容和交易性质。不仅如此，电子货币的不可追踪稽查的特性使得税务机关对纳税主体的银行账户及其财务活动的审查权形同虚设。
