我国股票交易印花税最初是由证券交易所所在地的地方政府开征的，证券交易印花税的课征始于1990年，因其承担了对调控证券交易的多项功能，所以随着市场环境的变化经历了多次调整。随着90年代初沪市和深市证券交易所的建立，使证券市场日益活跃起来。
证券市场上的经济活动必然产生经济利益，而经济利益必然包含有一定量的税收。其时我国税收立法滞后，没有任何一个现存的税收能够覆盖这项税源，鉴于印花税于1998年恢复征收，90年代初成为一个日益成熟的税种，国家税务总局授权上海、深圳二市对股权转让书据征收印花税。
证券交易印花税最先于1990年7月1日在深圳证券市场课征，当时深圳市政府参照香港证券市场，颁布了《关于对股权转让和个人持有股票收益征税的规定》，此时试行的是“对卖方征收0.6%”，从而达到约束股票转让的行为，目的是为稳定初建的股票市场及适度调节资本利得;到当年的11月23日证券交易印花税即改为”对买卖双方各征0.6%”;然而不久，由于投资者对股票投资的认识不足，市场一度低迷，于是从1991年10月开始，深圳证券交易所将证券交易印花税调低至“对双方各征0.3%”，降幅达50%。
上海在深圳试征证券交易印花税取得经验的基础上，于1991年10月对交易双方开征了此税，税率也为0.3%。1992年6月12日，国家税务总局和国家体改委联合下发《关于股份制试点企业有关税收问题的暂行规定》，明确规定了股份制试点企业向社会发行的股票，因购买、继承、赠与所书立的股权转让书据，均依书立时成交金额，由立据双方当事人分别按0.3%的税率缴纳印花税。
1994年，我国开始进行税制改革，提出了将证券市场上的印花税改造成证券交易税独立征收的设想，并规定买卖双方各征0.3%，最高可上浮1%，同时规定在证券交易税未出台之前，仍按原办法征收印花税，鉴于当时条件不够成熟，《工商税制改革方案》做出“缓一步出台”的决定。其后，我国股票交易印花税水平几经变更。随着证券市场的日益发展，证券税制需要进一步深化和完善，证券交易税的正式实施显得越来越迫切。
